A fatalidade do incêndio de 27 de janeiro de 1856, não conseguiu abater o ânimo de João Caetano, que resolveu reedificar o teatro. Empenhando seus trabalhos por doze anos, conseguiu acionistas com o gozo de camarotes por aquele tempo.

Iniciadas as obras, o ator José Romualdo foi encarregado de administrar o trabalho – em nove meses ressurgiu o teatro pela terceira vez no dia 03 de janeiro de 1857, apresentando novas modificações, o Theatro de São Pedro de Alcântara. No programa de abertura foram apresentados o drama "Affonso Prieto " e o vaudeville "Ketly ou A volta à Suiça " 
 
Fachada:
“A fachada do edifício é dividida em três corpos. O corpo central é precedido de um pórtico formado por três arcos de alvenaria. Essas arcadas sustentam a varanda histórica do teatro. Debaixo do pórtico, vêem-se as três portas, que dão entrada para o saguão. No segundo pavimento há três janelas rasgadas, que se abrem para o terraço ou varanda do teatro.
 
Essa varanda é cercada com grades de ferro e ladrilhadas de mármore... Nesta varanda se construiu uma tribuna de ordem jônica ricamente decorada, na qual SS. e AA. II. assistiram à inauguração da estátua eqüestre de D. Pedro I.
 
Há no terceiro pavimento três janelas com grades de ferro. Lê-se no friso o dístico Theatro de S. Pedro d´Alcântara. O frontão é reto havendo no tímpano o busto de Apolo no centro, aos lados as máscaras da comédia e da tragédia com seus atributos. Estes emblemas, assim como as letras do dístico, estão pintadas de verde. Nos corpos laterais há duas janelas de peitoril em cada pavimento. Um atiço, que vai terminar no frontão, oculta de cada lado o telhado do edifício. Fecha a frente do teatro uma gradaria de ferro semi-circular que se estende do pórtico ao ângulo do edifício.
 
Do lado da Rua do Sacramento há no corpo anterior do edifício três janelas de peitoril e uma porta no primeiro pavimento. Essa porta, que está tapada, ia ter no botequim do teatro. No segundo pavimento há quatro janelas de peitoril e no terceiro também quatro. No corpo do teatro propriamente dito há uma porta, que vai ter ao corredor paralelo ao saguão, e uma outra porta menor por onde saíam os músicos. Notam-se óculos circulares, que clareiam os corredores da segunda, da terceira e da quarta ordem.
 
Do lado da Rua do Teatro há no corpo anterior três janelas e uma porta no primeiro pavimento. A porta dá entrada para a tribuna imperial. No segundo  e terceiro pavimentos existem quatro janelas de peitoril. No corpo do teatro vê-se uma porta que vai ter ao corredor paralelo ao saguão e uma outra, que dá entrada às cadeiras. Há, como do outro lado, óculos circulares.
 
O edifício se estende até a Rua da Lampadoza tendo de comprimento 300 palmos (antiga unidade de comprimento equivalente a 22cm, segundo o Novo Dicionário Aurélio da Língua Portuguesa), 130 de largura e 96 e meio de altura. Há no fundo do teatro uma porta larga que vai ter ao porão.
 
Do lado da Rua do Sacramento existe unida ao teatro uma cocheira pertencente ao empresário; há também um botequim. Entre a cocheira e o botequim vê-se uma porta com uma rampa que conduz à caixa do teatro.
 
Do lado oposto, reunida ao edifício, está a casa onde existe a entrada do camarote particular do Imperador. Esta casa tem dois pavimentos. Na face que olha para o edifício da Academia Militar, existe no primeiro pavimento uma porta e duas janelas de peitoril e no segundo pavimento três janelas de peitoril. Na face que olha para a Rua do Teatro, há quatro portas no primeiro pavimento e quatro janelas de sacada no segundo. Junto dessa casa, do lado esquerdo, há uma antiga cocheira.
 
Não há beleza na construção do Theatro de São Pedro, não é um monumento de boa arquitetura; as pilastras da frente do edifício são grossas em relação à altura, as janelas são estréias e pequenas.” (27).
 
Interior:
“O saguão é espaçoso, ladrilhado de mármore, tendo do lado direito duas portas, que se abrem para o botequim do teatro, e do lado esquerdo uma porta, que vai ter ao escritório onde se vendem os bilhetes, e, outra, à sala onde se guardam as bengalas. Há no fundo três arcos com uma escada de cinco degraus. Subindo-se essa escada chega-se ao corredor paralelo ao saguão. Esse corredor se comunica por uma escada de três degraus com o corredor da primeira ordem de camarotes. Ladrilhado de mármore vê-se no fundo deste último corredor, de um lado uma escada que vai ter à caixa do teatro e do outro outra escada, que se dirige à entrada das cadeiras. A entrada das gerais fica fronteira ao arco central do saguão.
 
Quase no princípio do corredor da primeira ordem há uma escada de oito degraus; onde termina esse lanço de escada começam outros dois em sentido oposto, que conduzem ao corredor da segunda ordem.
Os corredores de um lado se comunicam com os do outro lado.
Na segunda ordem há uma escada igual à que já descrevemos, que vai ter à terceira ordem, e nesta outra que se dirige à quarta.
Os corredores são largos; há, em todos, depósitos d´água; no da terceira ordem existe um toilette para senhoras.
 
No corredor da frente da segunda ordem há duas portas, que se abrem para um salão, que tem três janelas rasgadas para a varanda histórica do teatro. Em dias de gala, quando o Imperador sai da Tribuna, se retira para esse salão. Era outrora ornado com os bustos dos principais poetas.
 
Foi aqui que se construiu o pequeno teatro em 1824. Atualmente existe aqui um teatrinho, onde estudam declamação os alunos do Jury Dramático inaugurado na presença do Imperador em 17 de setembro de 1862.
Este salão se comunica com uma sala, que tem quatro janelas para a Rua do Teatro e duas para a Praça da Constituição. Entre o salão e a sala há a escada por onde sobre o Imperador para a Tribuna. No terceiro pavimento, sobre os aposentos que temos descrito, existem três salas, tendo a do centro três janelas com grades de ferro e as laterais duas janelas de peitoril para a Praça da Constituição.
Entre o terceiro pavimento e o teto há o grande salão de pintura.
 
O teatro tem quatro ordens de camarotes, havendo em cada ordem 30;  na quarta ordem, porém, há mais três sobre a tribuna imperial. Os camarotes da primeira ordem são forrados de papel azul e branco, os da segunda de amarelo e verde, os da terceira de branco e encarnado e os da quarta de papel branco e verde. O camarote no. 7 da primeira ordem é ocupado pelo juiz inspetor do teatro. Já dissemos que os dois últimos camarotes do lado esquerdo, na segunda ordem, são particulares da Família Imperial. Uma cortina encarnada fecha a frente desses camarotes. A varanda dos camarotes da primeira ordem é de madeira, as das outras três ordens de grades de ferro. Sustentados por colunas de ferro são os camarotes divididos pro um tapamento de tábua em forma de S. Já dissemos que a quarta ordem constitui uma varanda elegante.
 
A tribuna imperial, colocada no centro da sala dos espectadores, é forrada de damasco encarnado, e ornada de espelhos; corre na frente da tribuna uma cortina de seda encarnada havendo na parte superior as armas do império.
A sala dos espectadores é iluminada por um lustre a gás e encerra 354 cadeiras e 564 gerais.
Todo o edifício é iluminado a gás...
A pintura do teto é pesada e de mau efeito; o pano representa uma vista de Nápoles...
 
O Teatro de S. Pedro tem falta de acústica; dificilmente se ouve o que os atores pronunciam. Provém isso da construção das paredes, do mau travejamento das madeiras, de não ter a sala dos espectadores a forma elíptica, de serem os camarotes forrados de papel, devendo antes ser pintados etc.
O urdimento é baixo, o que prejudica e estraga facilmente os cenários.” (27).
 
A propósito da reconstrução do teatro, o Jornal do Commercio comentava em 1857: “o teatro com efeito corresponde à expectação de todos. Ornado com simplicidade e elegância, todo branco com flores de ouro, forrados os seus camarotes de papel azul e branco fabricado no país, apresenta algumas inovações muito bem entendidas. O fundo dos camarotes tem a forma circular aconselhada pelas leis da acústica; a quarta ordem apresenta um avarandado de muito bom gosto, a abóbada do forro em vez de começar na linha em que terminam os camarotes, começa na linha em que estes principiam, e assim  erguendo-se o forro, dá a essa quarta ordem uma elevação que perfeitamente contrasta com o acachapado das nossas torrinhas. Reduzindo a menores proporções a tribuna imperial, o construtor do teatro ganhou espaço para mais dois camarotes em cada ordem, ao mesmo tempo que estabelecendo a orquestra no vão por baixo do arco do proscênio, deu mais extensão ao espaço destinado às cadeiras.”
 
Em 12 de agosto de 1881, há a notícia de um requerimento do Conselheiro Mordomo da Casa Imperial ao Presidente da Câmara Municipal, solicitando licença para colocar na porta do teatro, fronteira aos fundos da Escola Politécnica, novo alpendre, visto estar arruinado o existente.
 
Lotação:
Tem um camarote imperial, 30 camarotes de primeira classe, 27 de segunda e 30 de terceira, 288 cadeiras de primeira classe e 244 de segunda, 28 galerias nobres e 400 lugares nas galerias gerais. (3). Em 1888 o Almanak Laemmert faz referência a uma reforma efetuada no teatro e, em 1911/1912, consigna o seguinte: Lotação: 30 camarotes de primeira, 23 de segunda, 28 frisas, 330 fauteuils, 155 cadeiras de primeira, 65 galerias nobres, 500 gerais.